«Тёмные начала» — история о том, как одна девочка оказывается в самом центре борьбы за саму природу своего мира. Властная организация Магистериум запрещает людям познавать истинную магию и стремится контролировать их неразрывную связь с деймонами — живыми воплощениями душ. Судьба Лиры Белаквы, обладающей редкой проницательностью, неожиданно сталкивает её с тайнами, которые скрывают от всех.

Всё начинается с поиска пропавшего друга, но очень быстро Лира понимает, что за похищениями детей стоит нечто большее. Её путешествие из строгого оксфордского колледжа в заснеженные северные земли превращается в опасное противостояние. На её пути встречаются бронированные медведи, хитрые ведьмы и учёные, открывающие пугающие истины о параллельных мирам.

Лира не ищет славы или власти, она просто пытается защитить тех, кого любит. Но её решения и врождённое любопытство постепенно расшатывают устои целого общества. Вместе со своим деймоном Пантелеймоном она узнаёт, что её собственная судьба тесно переплетена с судьбой всех миров, а личная храбрость может стать тем самым ключом, который всё изменит.